FreeNAS được quản lý thông qua một giao diện web toàn diện được bổ sung bằng một giao diện dòng lệnh shell console để xử lý các chức năng quản trị cơ bản. Giao diện web hỗ trợ cấu hình lưu trữ pool, quản lý người dùng, cấu hình chia sẻ và bảo trì hệ thống.

Là một ứng dụng hệ thống nhúng, FreeNAS có thể chạy từ một thiết bị USB flash hoặc đĩa cứng. FreeNAS có thể được cài đặt từ USB Flash/CD/DVD. Phân vùng chứa hệ điều hành của FreeNAS là hoàn toàn độc lập với phân vùng lưu trữ, nên có thể mã hóa dữ liệu, sao lưu và khôi phục lại cài đặt ban đầu của hệ điều hành dễ dàng.